hexj9 |
2022-01-13 16:36 |
第一步,是监测变种 (VBM)和关切变种 (VOC)的序列比较。 Ford 团队下载了新冠病毒的参考基因组,以及各种 VOC 和 VBM 的前 100 个全基因组序列。对这些基因组再进行一个“对齐”和“修剪”的工作,最终留下了 1026 条序列。 基于此,Ford 对这 1026 条序列进行“注释”,再根据序列相似性确定了该序列上的受体结合基序。然后,他们用 MEGA11.0.10 版计算每对序列之间的成对 p-距离,再使用标准翻译表将尖峰蛋白的这个变体核苷酸序列翻译成氨基酸。 最终对该序列进行修剪,使其只包含穗状蛋白的 RBD(第 319 至 541 位)。 第二步,是 RBD 的结构预测。 Ford 在这一步中,基于上面得到奥密克戎衍生 RBD 氨基酸序列,使用 AlphaFold2 和 RoseTTAFold 创建了预测的 3D 蛋白质结构。 基于 AlphaFold2 的预测,是在“单一序列“模式下使用 PTM 方法(predicted TM-score)运行。而基于 RoseTTAFold 的预测,则是用“mmseqs2“模式运行的。 这两个系统都产生了奥密克戎的预测 RBD 结构,以及围绕多序列比对覆盖率、预测比对误差(PAE)和预测置信度(pLDDT)等指标。
第三步,中和抗体相互作用模拟。 在这个步骤中,Ford 团队基于上面得到的奥密克戎 RBD 预测结构,模拟了与四个现有中和抗体结构的相互作用(分别为 C105, CC12.1, CC12.3, and CV30)。
在这个过程中,他们只使用抗体结构的一个单片段抗原结合(Fab)区域,作为对接的位置。接下来,他们用到了生物分子建模软件 HADDOCK,来预测 RBD 表位与中和抗体结构的副体之间的结合亲和力。 最后,Ford 团队将实际复合物(即真正的 RBD 结构和 Fab)与奥密克戎的预测 RBD 结构(有相同的 Fab)的指标进行了比较。 从实验结果上来看,现有的中和抗体可能仍然会与奥密克戎变异的突变刺突蛋白结合。然而,与参考 RBD 结构相比,奥密克戎的 RBD 对中和抗体的亲和力似乎降低了。 AlphaFold2 和 RoseTTAFold 的结果都表明,以前感染的抗体至少会对奥密克戎提供一些保护。也正因如此,加之此次奥密克戎患者的症状并没有此前德尔塔那般严重,许多人都把它比作“大号感冒”。 但事实是否真的如此呢? |
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